Category 战术训练营

荧光定量 PCR 的主要用途之一即是相对定量,而提到相对定量,必然离不开内参,那什么是内参基因,为什么相对定量必须使用内参,如何选择正确的内参基因?我们今天就来聊聊关于内参的那些事。

一、什么是内参?

内参基因,也称为管家基因,其编码蛋白是维持细胞基本生命活动所必须的蛋白质。

它的表达水平不受任何内源性与外源性因素的影响。管家基因高度保守且在大多数情况下持续表达,稳定表达于不同类型的细胞和组织中。

二、为什么相对定量必须使用内参?

那内参基因与相对定量又有什么样的关系呢?我们通过以下实验案例一起了解一下。

实验目的:测定肝癌细胞 X 基因相对于正常肝细胞的表达量。通过荧光定量检测可得:肝癌细胞中 X 基因的CT = 25,正常肝细胞中 X 基因的 CT = 26,所以,利用表达量倍数计算公式2-△CT 计算,发现肝癌细胞中的 X 基因表达量是正常肝细胞表达量的 2 倍。

但是,上面这个定量结果检测有效的前提是:必须保证两盘细胞的细胞数量完全一致;RNA 提取、逆转录以及定量效率及操作必须完全一致;不存在操作误差等。这显然是无法达到的。

那如何才能使这些误差不影响 X 基因表达检测的真实性呢?

这时,为了将样本处理归一化,引入一个内参进行校正。基于前面对内参基因特点的描述,我们知道内参基因在两类细胞(正常肝细胞/肝癌细胞)中的表达量是相对一致的,所以可以对细胞上样量、细胞上样过程中存在的误差、实验过程中存在的实验误差等进行校正。再来看一下引入内参后 X 基因的表达量。

肝癌细胞 X 基因 CT = 25,内参基因 CT = 20;正常肝细胞 X 基因 CT = 26,内参基因 CT = 22。所以,内参校正后,肝癌细胞中的 X 基因表达量是正常肝细胞表达量的 1/2 倍(计算公式 2-△△CT)。

由此可见,若想有效检测一个特定基因的相对表达情况,选择内参进行归一化处理非常重要!

三、内参基因应具备的条件

理想的内参基因应该满足以下条件:

①不存在假基因 (p seudogene) ,以避免基因组 DNA的扩增;

②高度或中度表 达 ,排除太高或低表达;

③稳定表达于不同类型的细胞和组 织 (如正常细胞和癌细胞 ),而且其表达量是近似的,无显著性差别;

④表达水平与细胞周期以及细胞是否活化无关;

⑤ 其稳定的表达水平与目标基因相似;

⑥不受任何内源性或外源性因素的影响,如不受任何实验处理措施的影响。

排除内参基因的条件则为:

①在正常和异常的细胞/组织中的表达 存在差异;

②呈现细胞周期依赖的表达;

③定位于X染色体。

内参基因通常是各种看家基因,在细胞内组成性表达,有助于保持细胞的功能。看家基因在某些类型细胞中的表达是恒定的,但在其他类型的细胞中则是变化的,尤其是与恶性疾病相关的临床标本。常用的人类内参基因见表 1。

(内容来源:生物学霸 网络 由小析姐整理编辑)

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