第三阶段：为明清时期。这一时期实际上当视为两部分，其中以1840年为界。明至1840年前，这期间除了一些有影响的综合性医书外，还有一些标志着中医学术重要发展的书籍问世。如温病类著作：吴有性的《瘟疫论》，吴瑭的《温病条辨》，王士雄的《温热经纬》等。另外如咽喉、眼、齿、伤等所谓小科，原来大都附于其他医书之后论述的，这一时期也逐渐从综合性医书中独立出来，对各科的病因病理、临床辨证治疗及预防方面有了更为系统的专门著作。这一时期整理、集录医书较多也是一大特点，其中包括大部头的医学全书、丛书和类书，如《普济方》、《薛氏医案》、《古今医统正脉全书》、《六科证治准绳》、《景岳全书》、《古今图书集成》、《医部全录》、《医宗金鉴》等。这些图书对保存、整理、研究、继承中医发挥了重要作用。由于与今天相隔的时间尚不算很久远，我们也还有可能看到较好的版本。
1840年以后，由于鸦片战争，西方文化逐渐渗透，随之西方医学传到中国。从医学发展的角度计，这一时期当另有论题。但就其中古医籍讲，则由于西方医学的文化传入而影响了其发展进程。但这一时期亦有少数有影响的中医书问世，如张锡纯的《医学衷中参西录》，唐容川的《中西汇通医书五种》，都带有这一时期的明显特色。
3古医籍的分类
从现存的医学书目中，我们可以粗略地看到古医籍的分类和发展。早期的医学书目虽有《七略》的药目、南宋时期的《医经目录》和《大宋本草目》等，但均已早佚。我们现在所能看到的最早的一部医学书目为明末殷仲春的《医藏目录》，书中将所收录的医书分为二十类。清代传世较广的医学书目应推1819年由日本丹波元胤编纂的《中国医籍考》，是书广泛收录了我国自秦汉以来至清代中叶的历代医籍三千数百种，并分为医经、本草、食治、脏象、诊法、明堂经脉、方论、史传、运气九类。近代医学藏书家裘庆元和曹炳章二人各收藏医书三千余种及其目录，陈存仁亦撰有《皇汉医学丛书总目》，这些均不失为有较高参考价值的医学目录专书。
现代，在1945年前后，由日本冈西为人编纂的我国《宋以前医籍考》，记录了宋以前医学书籍1860种，分为内经、运气、难经、五脏、房中、临床各科等23类。1958年由北京图书馆和中医研究院图书馆牵头，组织全国包括中国科学院图书馆、北京大学、中华医学会、各省图书馆在内的59个图书馆，编写了中国第一部《中医图书联合目录》，收录了古今中医图书7661种，分为16大类，书中记有书名、著者、卷数、年代、版本及收藏地。16分类包括：医经、脏象、诊断、本草、方书、伤寒金匮、温病、临床各科、针灸、养生、综合性医书、医案医话医论、医史、法医、兽医和工具书。
1978年，再次由中国中医研究院图书馆牵头，利用七年的时间向全国113个各类图书馆广泛征集馆藏中医图书目录，截止1985年，花了7年时间，经过核实、整理、归纳，共收录了中医图书 12，124种，重新编写了《全国中医图书联合目录》，基本反映了目前中医图书的现存、馆藏情况。其分类以学科分类为主，兼顾到中医图书的体裁特征，划分为医经、基础理论、伤寒金匮、诊法、针灸按摩、本草、方书、临床各科、养生、医案医话医论、医史、综合性著作等12大类。
现在中医界广泛应用的即是这12大类3级类目分类法：12类本身作为一级类目，以临床各科为例，所分的内、外、妇、儿、伤、眼、口齿诸科为二级类目，在外科下又分为外科通论、外科专论、皮肤等，即为三级类目。再如本草为一级类目，本草经、综合本草、食疗本草、炮炙等即为二级类目，“本草经”中的“本经辑本”、“本经注释”即为三级类目了。就前后的两次编纂的《中医图书联合目录》，在分类的形式上亦有所改进。
前一次分为十六类，尤其是综合性医书类，分类不甚明确，医理和临证、通论和临床医书混在一起，经过再一次斟酌细分，把原综合性医书根据中医应用的实际情况，兼顾体例特征，又分为基础理论、临证综合和医学通论三部分，并把其各归到基础理论、临床各科和综合性著作中，使之各类的划分更加有条理性和便于读者应用。再次编著的综合性著作和原综合性医书在内容上有实质性的不同：原综合性医书是指上述理论综合、临证综合和医学通论三部分的混合编录；而如今的综合性著作下二级类目则分为医学通论、丛书合刻、文史丛书中的医学著作和工具书。这样的分类相对地讲更可以使读者一目了然。
4古医籍的 特点
古医籍既是记录人类卫生、人体保健、疾病治疗过程的反映，是一种自然科学的书籍，同时它从一开始就以人类对社会的认识为基础，故而各种唯物、唯心史观；有神及无神论；哲学及辨证观点都在中医学术中占有重要的地位。同时不同历史时期的封建迷信意识也随之出现在不同时期的中医书籍中。这可以说是古医籍第一个特点。
从内容的实质上讲，中医书籍实用性很强。任何一本中医书都可以拿来作为中医临床的直接用书。中医书只有科别、用途的侧重而不同，而不存在高深理论性与实际应用的差异，越是大部头书，则论述得越详尽，解决的实际问题会越多。这也可以说是区别于古代其他自然科技书的第二个特点。
从中医书籍的发展上讲，有很强的继承意识。在浩如烟海的古医籍中，拿出任何一本，总是先有“古人云”、“经曰”等，其次才是作者的发挥和创新，充分体现着中国尊古、崇古的道德思想。另外中医书籍还有一种滚雪球的模式：张仲景的《伤寒论》原本只有397条，数万字，但后世对其的注释、发挥、解释、应用心得等的著述竟达数十种，上百万字。这是第三个特点。
另外在写作上还有一重要特点：在现在的中医古籍整理中，我们常常可以从众多的古医籍中辑出历史年代远久、早已佚失而只有其名的医书，这在很大程度上得力于古医籍中写作方法上的特点，我们从早在唐代的《千金要方》、《千金翼方》，以至宋代的《圣惠方》、《圣济总录》、《证类本草》，再至明代的《本草纲目》，更不用说明清时期令人瞠目的各种大部头全书、丛书、总录等，都具有这种文献整理的写作特点。这些书不仅论述有条理，而且引文有出处，使后人观之一目了然。这一特点对古医籍的利用、保存和继承发挥了重要作用。
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编辑：友谊的钢板
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